Công ty Cổ phần phân bón Miền Nam tiền thân là một doanh nghiệp nhà nước thuộc Bộ Công Thương – Tập đoàn Hóa Chất Việt Nam được thành lập theo quyết định số 426/HC-QĐ ngày 19/4/1976 của Tổng Cục Hóa Chất Việt Nam.
Công ty Cổ phần Phân bón Miền Nam đã chính thức chuyển đổi hình thức quản lý sản xuất kinh doanh sau 34 năm thành lập sang hoạt động mô hình cổ phần hóa chính thức từ ngày 01/10/2010.